在上海办理二类医疗器械经营备案，您需要准备以下材料：

1. 申请人资格条件的证明文件，包括法人或股东身份证明、企业营业执照、税务登记证等。 2. 企业基本情况的材料，包括公司章程、股东会决议等。 3. 相关质量管理体系文件，包括质量手册、程序文件、作业指导书等。 4. 产品相关的材料，包括产品注册证明、产品质量检验报告等。 5. 相关人员的资质证明，包括从业人员的健康证明、职业培训证明等。 6. 其他补充材料，如法律法规要求的其他证明文件。

办理流程及时间周期如下：

1. 提交备案申请。将准备好的材料提交给相关部门，并缴纳相应的费用。 2. 材料审核。相关部门将对提交的材料进行审核，核实相关信息的真实性和完整性。 3. 现场检查。根据需要，相关部门可能会进行现场检查，了解企业的生产经营情况。 4. 审批决定。相关部门对审核结果进行评估，并作出是否批准备案的决定。 5. 领取备案证书。如果备案申请获得批准，您可以领取相应的备案证书。

办理二类医疗器械经营备案的时间周期一般在30个工作日左右，具体时间可能因各种因素而有所差异。为了加快办理进度，建议提前充分准备相关材料，并确保信息的准确性和完整性。

办理备案时还需要注意以下事项：

1. 需要确保企业及相关人员具备相应的资质和条件，符合法律法规的要求。 2. 所提交的材料必须真实、准确、完整，否则可能会导致备案失败。 3. 在整个备案过程中，要与相关部门保持良好的沟通，及时处理可能出现的问题或要求。

希望以上信息对您有所帮助，如果您有任何其他问题或需要的咨询，欢迎随时与我们联系。